該廟於明永曆十九年(1665年)創建於鷲嶺之頂,所奉祀的是鄭成功攜來臺灣的武神玄天上帝之香火,當時頗受重視。進入清朝之後,由於玄天上帝是明朝與明鄭的守護神,故該廟地位下降,嘉慶時還在廟後闢建公館「桐山營曹館」供來臺營兵和同鄉居住。不過當時北極殿前的上帝廟街[1]附近有帽街[2]、竹仔街[2]、坊橋頭街[2]、草花街[3]、鞋街[3]、武館街[3]與打鐵街[4]等府城繁華地帶,故還有一定的香火。而在清朝時,該廟在雍正八年(1730年)、乾隆五十六年(1790年)、道光十八年(1838年)、咸豐六年(1856年)都曾有過整修。
日治時期,該廟在明治四十三年(1910年)與昭和三年(1928年)都進行過整修,但由於明治四十四年(1911年)實行市區改正計畫,闢建道路而拆除了廟埕。進入民國後,該廟雖在民國四十七年(1958年)整修過,但五十三年拓寬馬路又拆毀了前殿,而成今天廟宇緊鄰街道的景象。
北極殿為二級古蹟在荷蘭時期本為中國人的醫館,明永曆15(1661)年四月,鄭成功攻台時佔領此地充當救護站。待荷蘭人退出台灣後,於明永曆19(1665)年建 成寺廟,奉祀明朝守護神玄天上帝,為全台最早的官祀廟宇。
廟宇外觀
正殿主祀北極玄天上帝 陪祀中壇元帥 康趙元帥
趙元帥 康元帥
後殿主祀觀音佛祖
陪祀福德正神 地基主
陪祀註生娘娘
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